Hipotireoza je stanje pri kojem je štitnjača slabije aktivna i stvara premalo svojih hormona .Vrlo teška hipotireoza zove se miksedem. Najčešći uzrok ovog poremećaja je nedostatak joda u hrani ( u nerazvijenim zemljama ) i Hašimotov tiroiditis koji je u svim zemljama u svijetu najčešći uzrok hipotireozi. U razvijenim zemljama svijeta jod se dodaje u sol kao namirnicu koju svi ljudi konzumiraju i na taj način se sprečava mogućnost nedostatka joda u hrani.Kod Hašimotovog tiroiditisa , štitnjaču oštećuju antitijela koju osoba stvara na vlastite stanice štitnjače ( tireocite ), čime se štitnjača strukturalno, morfološki ( građa ) mijenja . 
Štitnjača kod ovih poremećaja postaje povećana, difuzno promijenjena u cjelokupnoj strukturi i veličini, a zatim godinama nakon početnih promjena nastaje najčešće hipotireoza, jer se funkcijska područja u žlijezdi potpuno uništavaju. Slijedeći uzrok hipotireoze može biti posljedica liječenja hipertireoze ( povećanog , ubrzanog rada ) štitnjače. Naime kirurški zahvat ( operativno odstranjenje hipertireotične štitnjače) ili primjena radioaktivnog joda u liječenju hipertireoze može dovesti do hipotireoze .Hipotireoza može nastati zbog primjene prevelike doze lijekova za liječenje hipertireoze koji usporavaju rad štitnjače ( jatrogeno). Hipotireozu može uzrokovati i nasljeđeni poremećaji nenormalnosti enzima ( tvari) koje pospješuju sintezu hormona štitnjače u stanicama i tako može nedostajati hormona štitnjače.U drugim rijetkim slučajevima hipotalamus i hipofiza koji su “nadređeni “organi koji upravljaju u tijelu radom štitnjače, ukoliko ne luče dovoljno svoje hormone ( TRH i TSH) koji potiču na rad štitnjaču mogu dovesti do hipotireoze
